{gallery}sty.jpg{/gallery}
Zjawisko stygmatów polega na spontanicznym ukazaniu się pewnych znaków lub krwawiących ran na dłoniach, stopach i w lewym boku, a także czasami na głowie i ramionach. Mogą być widzialne lub niewidzialne, stałe lub okresowe i przemijające, jednoczesne i sukcesywne. Prawie zawsze występują u ekstatyków i pojawiają się w okolicznościach wielkiego cierpienia duchowego i fizycznego, jako, że są symbolem zjednoczenia z Jezusem ukrzyżowanym i uczestnictwa w Jego cierpieniach.
Rankiem 20 września 1918 roku, w czasie dziękczynienia po Mszy św., gdy o. Pio modli się na chórze zakonnym, otrzymuje stygmaty ? znaki Chrystusa ukrzyżowanego. Jest jedynym jak dotąd kapłanem, który nosi stygmaty męki Chrystusa. Stygmaty u Ojca Pio pojawiają się, podobnie jak u św. Franciszka, wszystkie jednocześnie, a nie w kolejności i nosił je najdłużej ze wszystkich stygmatyków, aż 50 lat. Kiedy w 1918 roku zauważono, że na dłoniach Ojca Pio są stygmaty, on odpowiada: ?Wy widzicie je teraz, ja widziałem je już w 1910 roku?.
Proces otrzymywania stygmatów przez Ojca Pio można podzielić na dwa okresy: wstępny, który trwa osiem lat (wrzesień 1910 ? wrzesień 1918), oraz okres prawdziwej i właściwej stygmatyzacji, który obejmuje pięćdziesiąt lat (wrzesień 1918 ? wrzesień 1968).
Podczas pierwszego okresu, który możemy nazwać okresem stygmatów niewidzialnych, znaki męki Chrystusa ukazują się na ciele czcigodnego Ojca, w niektórych okolicznościach i określonych dniach, szczególnie we wtorek i od czwartku wieczorem aż do soboty. Ojciec Pio przerażony obecnością tych znaków pokornie prosi Pana, aby zabrał ten widzialny fenomen. Pan go wysłuchuje; mimo, iż rany nie są widoczne, to jednak zawsze jest obecny ból.
W drugim okresie rany są stale widoczne i obecne, od piątkowego poranka 20 września 1918 roku aż do śmierci (23 września 1968 roku). Początkowo stygmaty miały postać niewielkich ran, lecz po upływie paru miesięcy powiększyły się i przyjęły formę zaokrągloną o średnicy około 2 cm, którą zachowały niezmiennie, aż do momentu śmierci. Rana boku ma kształt krzyża, którego dłuższe ramię położone ukośnie rozciąga się od 5 do 9 żebra, aż po mostek żebrowy, podczas, gdy ramię poprzeczne jest prawie o połowę krótsze.
Stygmatyzacja dokonuje się za przyczyną tajemniczej osoby, którą ojciec Augustyn uważa za Ukrzyżowanego. Ojciec Pio zaś tak opisuje to wydarzenie w liście do ojca Benedykta: ?…ujrzałem przed sobą tajemniczą osobę, podobną do tej, którą widziałem wieczorem 5 sierpnia, różniącą się jedynie tym, że tym razem miała ręce i stopy, i bok ociekające krwią (…) Widzenie osoby oddaliło się, a ja spostrzegłem, że dłonie, stopy i bok były przebite i sączyła się z nich krew?.
Przez pół wieku (1918 ? 1968) stygmaty na ciele Ojca Pio pozostają otwarte, świeże i krwawiące, lecz pod koniec jego życia zaczynają się zamykać, najpierw rany stóp i boku, a następnie rany dłoni. Nagłośnienie tych faktów, między innymi przez gazety, powoduje wielki napływ ludzi do klasztoru w San Giovanni Rotondo i tym samym początkuje, upowszechniając na szeroką skalę różnorodną i niezwykle skuteczną kapłańską posługę Ojca Pio.