Relikwie św. Ojca Pio zostaną wystawione w lutym 2016 roku w bazylice watykańskiej z okazji Roku Miłosierdzia. Takie życzenie wyraził papież Franciszek, który za pośrednictwem najbardziej znanego na świecie spowiednika i szafarza Bożego miłosierdzia chce zwrócić uwagę na potężną moc sakramentu pojednania. W tym czasie, 13 lutego 2016 r., papież Franciszek ma się spotkać z Grupami Modlitwy Ojca Pio.
Trumna z ciałem Ojca Pio zostanie wystawiona w Bazylice św. Piotra w Watykanie bezpośrednio przed Środą Popielcową, od 8 do 14 lutego. Wiadomość taką na konferencji prasowej 15 maja przekazał dyrektor Biura Prasowego Watykanu, o. Federico Lombardi.
Papież Franciszek skierował w tej sprawie pismo do Sanktuarium w San Giovanni Rotondo. Postulator generalny kapucynów, o. Carlo Calloni, w jednym z wywiadów jako powód papieskiego życzenia podaje szczególną rolą, jaką Ojciec Pio spełnił, wykonując posługę spowiednika i szafarza Bożego miłosierdzia.
Rok Miłosierdzia rozpocznie się 8 grudnia 2015 roku, w uroczystość Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny, a zakończy 20 listopada 2016 roku, w Niedzielę Chrystusa Króla Wszechświata. Papież zapowiedział go w kazaniu wygłoszonym 13 marca 2015 roku podczas nabożeństwa pokutnego w bazylice watykańskiej, w 2. rocznicę swojego wyboru: „Często myślałem o tym, jak Kościół może uczynić jeszcze bardziej oczywistym swoje posłannictwo świadka miłosierdzia. Jest to droga, która rozpoczyna się od nawrócenia duchowego. I dlatego postanowiłem ogłosić jubileusz nadzwyczajny, którego ośrodkiem będzie miłosierdzie Boże. Będzie to Rok Święty Miłosierdzia. Chcemy przeżywać go w świetle słów Pana: «Bądźcie miłosierni, jak Ojciec wasz jest miłosierny»”.
Ciało Ojca Pio zostało wystawione do publicznej czci po ekshumacji, którą przeprowadzono 2 marca 2008 roku, dopiero w 40. rocznicę śmierci Ojca Pio, choć zazwyczaj jest ona warunkiem beatyfikacji w celu pozyskania „znaczącej relikwii” człowieka wynoszonego na ołtarze. W przypadku Ojca Pio zrobiono wyjątek od tej zasady, ponieważ Stolica Apostolska zaakceptowała jako wymaganą relikwię bandaż z krwią ze stygmatów.
Relikwie Ojca Pio wystawiono na widok publiczny 1 czerwca 2008 roku w krypcie kościoła Matki Bożej Łaskawej, gdzie spoczywały do tej pory. Wówczas podczas uroczystej mszy świętej kard. Angelo Amato, ówczesny prefekt Kongregacji ds. Świętych, powiedział, że „ze swojego sarkofagu Ojciec Pio nie przestaje przyjmować i pocieszać każdego, kto płacze i kto jest strapiony w swej chorobie, ale również napominać leniwych i zatwardziałych grzeszników, do których zwraca swoje szorstkie słowa o nawróceniu i zmianie życia”.
Po dwóch latach, 19 kwietnia 2010 roku, relikwiarz z ciałem Ojca Pio przeniesiono do nowego kościoła i umieszczono go w specjalnie w tym celu przygotowanej krypcie. Można go oglądać przez przeszklony otwór w ścianie.
Zmiana miejsca pochówku Ojca Pio nastąpiła mimo protestów konserwatywnych czcicieli Ojca Pio. Od początku budowy nowego kościoła w San Giovanni Rotondo planowano, że właśnie tam zostaną kiedyś umieszczone relikwie jego patrona. Zaprojektowana specjalnie w tym celu krypta znajduje się na dolnym poziomie kościoła. Relikwie Ojca Pio umieszczono wewnątrz monumentalnego filara, który stanowi podporę konstrukcji całej świątyni. Takie rozwiązanie architektoniczne kryje w sobie symboliczną wymowę.
Od tej pory pielgrzymi mogą trwać na modlitwie przy ciele Ojca Pio, powierzając swojemu ukochanemu świętemu intencje, modlitwy i noszone w sercu nadzieje.
Relikwie – pierwszego stopnia – Ojca Pio znajdują się tylko w dwóch miejscach na świecie: San Giovanni Rotondo i Pietrelcinie. Rodzinna miejscowość otrzymała je w 123. rocznicę urodzin Ojca Pio, 25 maja 2010 roku. W niepozornym relikwiarzu umieszczono kość gnykową. Jest to jedyny fragment ciała, który w naturalny sposób oddzielił się podczas ekshumacji.