Miłość do Kościoła i wierność papieżowi to dwa punkty odniesienia dla duchowości, którą żył Ojciec Pio i którą chciał, aby żyli jego duchowi synowie i córki. Sprzeciwianie się nauce Kościoła, lekceważenie Jego Świątobliwości Papieża lub własnego biskupa oznaczało dla Ojca Pio zerwanie z nim.